Καθ’ όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας δεν έλειψαν τα επαναστατικά κινήματα των υπόδουλων Ελλήνων. Σε όλες αυτές τις εξεγέρσεις υψωνόταν και από μια σημαία, «εν πανίον», αυτοσχέδια επινόηση του κάθε αρχηγού, γεγονός φυσιολογικό εφόσον δεν υπήρχε ενιαία κρατική υπόσταση να επιβάλλει ένα κοινό έμβλημα.
Οι περισσότερες σημαίες είχαν μερικά κοινά χαρακτηριστικά (βυζαντινή πορφύρα, δικέφαλος ή μονοκέφαλος αετός κ.α.), με κυριότερο όλων τον σταυρό, επειδή η Εκκλησία αποτελούσε τον κυριότερο παράγοντα συσπείρωσης των Ελλήνων επί Τουρκοκρατίας.
Πολύ γρήγορα ο σταυρός επιβλήθηκε ως θρησκευτικό και πολιτικό έμβλημα του υποταγμένου έθνους, σε τέτοιο μάλιστα βαθμό, ώστε κληρικοί ετίθεντο επικεφαλής εξεγέρσεων χρησιμοποιώντας ως σημαίες τα ιερά λάβαρα των εκκλησιών τους.
Στις αρχές της Επανάστασης του 1821 εμφανίστηκαν πολλές σημαίες με διάφορες παραστάσεις, σύμφωνα με τη φαντασία καθενός αρχηγού, με βάση το μίσος που είχε κατά των Τούρκων, τις ιστορικές γνώσεις, τις οικογενειακές παραδόσεις και τη θρησκευτική του ευλάβεια. Αμέσως μετά την κατάληψη της Τριπολιτσάς (Σεπτέμβριος 1821), ο Παπαφλέσσας έκοψε ένα κομμάτι από την εσωτερική πλευρά του ράσου του και ταυτόχρονα ζήτησε από τον οπλαρχηγό Παναγιώτη Κεφάλα να σχίσει δύο λωρίδες από τη λευκή του φουστανέλα. Πίνακας του Πέτερ φον Ες με θέμα την άλωση της Τριπολιτσάς.
Ο Παναγιώτης Κεφάλας υψώνει την επαναστατική σημαία στις επάλξεις των τειχών της πόλης. Αν δεχθούμε τη συνεργασία του Παπαφλέσσα με τον Κεφάλα για την κατασκευή της σημαίας ως γεγονός, τότε ο Γερμανός καλλιτέχνης δεν απέδωσε στη σωστή θέση τα χρώματα.
Με αυτά τα κομμάτια κατασκευάστηκε μια αυτοσχέδια σημαία (γαλάζια με λευκό σταυρό) η οποία υψώθηκε, κάτω από τις ιαχές των Ελλήνων πολεμιστών, στο πρώην τουρκικό διοικητήριο της πόλης. Αυτή αποτέλεσε το πρώτο σχέδιο της επίσημης σημαίας του ελληνικού κράτους μετά την απελευθέρωση. Η ιστοριογραφία των πρώτων μετεπαναστατικών χρόνων έδωσε και μια ρομαντική διάσταση στη σημαία, αποτέλεσμα συνεργασίας ενός στρατιώτη και ενός ιερέα, αναφέροντας πως η γενναιότητα του κλέφταρματολού στήριξε τις ελπίδες της στη χριστιανική πίστη.
Την 1η Ιανουαρίου 1822 συνήλθε στην Πιάδα της Επιδαύρου η Α΄Εθνοσυνέλευση. Ανάμεσα στα πολλά που συζητήθηκαν τέθηκε και το ζήτημα της καθιέρωσης ενιαίας επαναστατικής σημαίας, ώστε να σταματήσει η σύγχυση που επικρατούσε μέχρι τότε από την εμφάνιση δεκάδων σημαιών. Με το ΡΔ΄άρθρο του Προσωρινού Πολιτεύματος της Ελλάδας ορίστηκε η ενιαία σημαία να συμβολίζει «την Πάρεδρον του Θεού Σοφίαν, την Ελευθερίαν και την Πατρίδα» και καθιερώθηκε να φέρει ως σύμβολο τον σταυρό και ως χρώματα το κυανό και το λευκό. Στις 15 Μαρτίου 1822 στην Κόρινθο, το Εκτελεστικό Σώμα με το Διάταγμα 540 προσδιόρισε τις λεπτομέρειες της παραπάνω απόφασης.
Η σημαία «των κατά γην δυνάμεων» θα ήταν τετράγωνη, κυανού χρώματος, με έναν λευκό σταυρό στη μέση. Η ναυτική σημαία διακρινόταν σε πολεμική και εμπορική.
Η πολεμική διαιρέθηκε σε εννέα οριζόντια παραλληλόγραμμα. Στην άνω εσωτερική γωνία της υπήρχε κυανό τετράγωνο με λευκό σταυρό στη μέση. Τα παραπάνω ενέκρινε και επικύρωσε και το Πολιτικό Σύνταγμα της Ελλάδας στην Τροιζήνα (Μάιος 1827), ορίζοντας να μη μεταχειρίζονται οι Έλληνες άλλες σημαίες τόσο στην ξηρά όσο και στη θάλασσα. Η παραπάνω διαταγή εφαρμόστηκε καθολικά στην αρχή, καθώς προσέκρουσε στο έντονο τοπικιστικό πνεύμα των επαναστατών.
Βαθμιαία όμως η κυανόλευκη επικράτησε, με συνέπεια να τερματιστεί η σύγχυση λόγω των ποικίλων χρωμάτων και σχημάτων. Στις 30 Ιουλίου 1828, ο κυβερνήτης Ιωάννης Καποδίστριας εξέδωσε ένα ψήφισμα σύμφωνα με το οποίο «τα πολεμικά και εμπορικά πλοία της Ελλάδος θέλουν φέρει μιαν και την αυτήν σημαίαν, την μέχρι σήμερον πολεμικήν», αποκαθιστώντας έτσι μια μεγάλη αδικία σε βάρος του ελληνικού εμπορικού στόλου ο οποίος είχε σηκώσει το βάρος του Αγώνα της Ανεξαρτησίας.
Όσον αφορά στο σκεπτικό της επιλογής των χρωμάτων (λευκού και κυανού), τις σειρές και τους συμβολισμούς που επιδιώχθηκαν υπάρχουν ποικίλες απόψεις, οι οποίες ακόμη και σήμερα οδηγούν σε διχογνωμία μεταξύ των ιστορικών. Συγκεκριμένα υποστηρίχθηκαν οι ακόλουθες απόψεις και εκδοχές αν και οι περισσότερες αποτελούν ρομαντικές θεωρήσεις και στερούνται αποδεικτικών στοιχείων.
Οι εκδοχές που έχουν ακουστεί *Ο κυανόλευκος συνδυασμός προέρχεται από τα χρώματα του πέπλου της θεάς Αθηνάς. *Τα συγκεκριμένα χρώματα επελέγησαν από τις κυανόλευκες σημαίες του στρατού του Μεγάλου Αλεξάνδρου ή την κυανόλευκη επίσημη ενδυμασία των Βυζαντινών αξιωματούχων ή από την αυτοκρατορική σημαία των Παλαιολόγων. *Τα χρώματα και το σχήμα είναι δανεισμένα από τη σημαία του φημισμένου οπλαρχηγού Ιωάννη Σταθά.
Πανομοιότυπο της σημαίας του Ιωάννη Σταθά *Το λευκό χρώμα συμβολίζει την αγνότητα και τον καλό σκοπό των Ελλήνων που επιδίωκαν την ανεξαρτησία. Το κυανό χρώμα συμβολίζει τον ουρανό της Ελλάδας, την ουράνια δύναμη η οποία βοήθησε τον άνισο αυτό Αγώνα να τελειώσει ευνοϊκά για το ελληνικό έθνος (αυτή είναι και η επικρατούσα άποψη). *Τα χρώματα συμβολίζουν τον ουρανό (κυανό) και τον αφρό των κυμάτων της θάλασσας (λευκό). *Τα χρώματα είναι ο συνδυασμό της κυανής ναυτικής βράκας και της λευκής φουστανέλας.
*Οι εννέα κυανές-λευκές οριζόντιες λωρίδες περιέχονταν στην αυτοκρατορική σημαία του Νικηφόρου Φωκά, τις οποίες διατήρησε στο οικόσημο της και στη σημαία της η οικογένεια των Καλλέργηδων πιστεύοντας ότι αντλούσε την καταγωγή της από τον εν λόγω αυτοκράτορα.
*Οι εννέα οριζόντιες λωρίδες συμβολίζουν τις εννέα Μούσες. *Οι παράλληλες επαναλαμβανόμενες λωρίδες συμβολίζουν τη θάλασσα και τους κυματισμούς της. *Οι οριζόντιες λωρίδες επιλέχθηκαν με βάση τα πρότυπα της αμερικανικής σημαίας (πρόκειται για μια άποψη η οποία δεν στερείται σοβαρότητας). *οι εννέα λωρίδες είναι μια, για κάθε συλλαβή της φράσης «ελευθερία η θάνατος» Στο βιβλίο με τίτλο «Ιστορία του Ελληνικού Στρατού 1821-1997», εκδόσεις ΓΕΣ/ΔΙΣ, αναφέρεται:
«Με την επιλογή του κυανού, του χρώματος του ουρανού, υποδηλώνεται η θεότητα του Αγώνα, αφού ο Θεός ενέπνευσε στο έθνος τη μεγαλουργή ιδέα, παρότι αδύνατο και άοπλο, να αναλάβει και να φέρει σε αίσιο πέρας τον άνισο εκείνο αγώνα.
Με το λευκό υποδηλώνεται ο καθαρός, άμωμος και αγνός σκοπός των Ελλήνων που μοναδική τους επιδίωξη ήταν η απελευθέρωση και η ανεξαρτησία του έθνους και η απαλλαγή του από την πολύχρονη σκληρή τυραννία. Εξάλλου, σύμφωνα με την επικρατέστερη εκδοχή, οι εννέα κυανόλευκες ταινίες αντιπροσωπεύουν τις εννέα συλλαβές της φράσης «Ελευθερία ή Θάνατος», που ήταν και ο όρκος των παλικαριών της Επαναστάσεως». Το βέβαιο είναι ότι σε κανένα από τα επίσημα κυβερνητικά έγγραφα, μέσω των οποίων καθιερώθηκε η εν λόγω σημαία, δεν υπάρχει η αιτιολόγηση για τη συγκεκριμένη χρωματική επιλογή και το σχήμα. Φαίνεται ότι η κυανόλευκη κρατά ακόμα καλά κρυμμένα τα μυστικά της. Ωστόσο, συνεχίζει να εμπνέει.
Νίκος Γιαννόπουλος ιστορικός... για την Μηχανή του Χρόνου
